Sektor pendidikan banyak disorot Pansus LKPJ (Laporan Keterangan Pertanggung Jawaban), pasalnya meski dana dan sumber daya tersedia, namun masih miskin prestasi. Selain itu kwalitas pendidikan juga kurang, sebab biaya yang dikeluarkan belum sebanding dengan kwalitas atau outputnya.

Sementara itu Kepala Dinas P & K mengelak tudingan dewan tersebut. Menurutnya pendidikan di Kota Mojokerto penanganannya jauh lebih baik dibandingkan daerah lain di Jawa Timur. Soal kwalitasnya, Kota Mojokerto sudah memiliki SMP dan SMA Mandiri artinya sekolah tersebut sudah memiliki standart nasional baik kurikulumnya, tenaga pengajar, sarana dan prasarananya. Sedangkan untuk prestasi, jika Kota Mojokerto berhasil menyabet medali perunggu di olimpiade MIPA tingkat Nasional untuk SMP dan SMA.

Menjawab masalah perlakuan terhadap sekolah swasta, tidak benar jika didiskriminatifkan misalnua diberikan SPP gratis untuk sekolah SD sampai SMA swasta juga rehabilitasi gedung sekolah dan bantuan alat peraga.